Subsidies werden stopgezet, het bestuur moest opstappen en minder inschrijvingen van nieuwe leerlingen. Verstrekkende gevolgen die het Cornelius Haga Lyceum ondervond door de vermoedens die er waren dat de school banden had met terreurgroeperingen. In 2019 liet de Nationaal Coördinator Terrorismebestrijding weten zeer ontrustende signalen te hebben ontvangen over de Islamitische school. Dat schreef hij in een brief naar burgemeester Halsema. Deze brief werd dezelfde dag door de staat naar buiten gebracht. 

Ook minister-president Rutte en burgemeester Halsema spraken zich uit en adviseerde mensen hun kinderen niet naar de school te brengen. In een persconferentie in maart 2019 zei Rutte: "Ik zou mijn kinderen er niet heen sturen". Dit tot groot ongenoegen van de school. Advocaat Wouter Pors vertelt: "Dat was gebaseerd op een uitspraak van de AIVD, waarvan is vast komen te staan dat dat niet klopte. Hij had die oproep nooit mogen doen."

De school zal een schadevergoeding ontvangen, die nog moet worden vastgesteld. "We moeten kijken of dit in verhouding staat tot de financiële nadelen die de school ondervonden heeft," vertelt Pors. Over de hoogte van het bedrag kan Pors nog niet veel zeggen. "Er zijn financiële rapporten van de inspectie van de afgelopen jaren en dat zal een aanknopingspunt zijn."

De toekomst van het Cornelius Haga Lyceum ziet Pors positief. "Er is nu een hoop publiciteit, waarin duidelijk wordt dat de signalen begin 2019 niet klopte. Dit is geen slechte school. Dat moet de school kansen bieden om weer nieuwe leerlingen aan te trekken."